Initiative conjointement lancée en 2001 par Conservation International (CI),Fonds Mondial pour l’Environnement , Gouvernement japonais et la Fondation Mac Arthur, l’atelier des 19 et 20 avril eu pour but d’évaluer les apports de ce fonds et de situer le financement par rapport au PNAE. Deux raisons principales ont conduit ces différents bailleurs partenaires à prendre cette initiative : l’exceptionnalité et la richesse de la biodiversité malgache et les pressions qui pèsent sur elle. L’approche du fonds de partenariat pour les écosystèmes critiques est axée sur 6 directions stratégiques : l’intégration de la population dans la gestion des aires protégées, les initiatives de préservation du secteur privé, le mécanisme pour accroître la sensibilisation et le militantisme, le fonds d’action pour la biodiversité et la création d’un réseau de surveillance et de coordination.